【京都大学化学研究所】スーパーコンピュータシステム【意見締切 1/6】

機関名

京都大学化学研究所

件名

スーパーコンピュータシステム

調達方式

借入

導入予定時期

令和5年度1月以降

これまでの流れ

主な仕様(資料招請時)

Ａ　今回導入予定のスーパーコンピュータシステムは、現在使用しているスーパーコンピュータシステムを次世代の計算化学・ゲノム科学に対応すべく拡張するものであり、以下の構成を要する。システムはゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバからなる７つのサーバ群と、高速アクセス用分散ファイルシステム、大容量ネットワークファイルシステムからなる２つのネットワークディスク装置、ディザスターリカバリー用バックアップストレージ、ネットワーク装置、無停電電源装置、冷却設備で構成される。システムはLinux環境で運用され、以下に示す全ての要件を満たす。

Ｂ　ゲノムネット計算サーバは、２ノード以上からなるシステムＡと60ノード以上からなるシステムＢで構成される。

(1) システムＡの各ノードは、理論演算性能は57.1TFLOPS以上であり、共有メモリ方式で24TiB以上の主記憶容量を備えていること。また、NVM Express規格のＳＳＤを50TB以上有すること。
(2) システムＢの各ノードは、56以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。システムＢはノードあたり512GiB以上の主記憶容量を備えた40以上のノード、及びノードあたり１TiB以上の主記憶容量を備えた20以上のノードから構成されること。
(3) システムＡ、Ｂともに、計算生物学関連、特にゲノム解析関連のソフトウェアが整備されていること。

Ｃ　化学計算サーバは、44ノード以上からなるシステムＡと36ノード以上からなるシステムＢで構成される。

(1) システムＡ、Ｂの各ノードは、56以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。256GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(2) システムＢの各ノードは、NVIDIA A100（80GBメモリ）相当以上のＧＰＵを１式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
(3) システムＡ、Ｂともに、計算化学関連のソフトウェアが整備されていること。

Ｄ　ログインサーバは３ノード以上からなり、１ノードあたり16以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が3.10TFLOPS以上であり、512GiB以上の主記憶容量を備えていること。各ノードは、NVIDIA A100（80GBメモリ）相当以上のＧＰＵを１式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。

Ｅ　ゲノムネット公開サーバは６ノード以上からなり、各ノードは64以上のＣＰＵコアを有し、768GiB以上の主記憶容量を備えていること。

Ｆ　ゲノムネット開発サーバは４ノード以上からなり、各ノードは64以上のＣＰＵコアを有し、1.5TiB以上の主記憶容量を備えていること。

Ｇ　基盤サーバは15ノード以上で構成される。

(1) 開発サーバ：64以上のＣＰＵコアを有し、1.0TiB以上の主記憶容量を有するノードを２ノード以上備えること。
(2) データベースサーバ：16以上のＣＰＵコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを２ノード以上備えること。各コアは3.6GHz以上で動作すること。リレーショナルデータベースシステムを提供すること。
(3) 仮想サーバ：32以上のＣＰＵコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを２ノード以上備えること。本学が指定するゲノムネットサービスの一部（GenomeNet／Feedback、varDB等）を動作させること。
(4) 運用管理サーバＡ：32以上のＣＰＵコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを３ノード以上備えること。
(5) 運用管理サーバＢ：32以上のＣＰＵコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを６ノード以上備えること。ネームサーバ、メールサーバ、ウェブサーバとしての機能を備えること。

Ｈ　システム管理サーバは２ノード以上からなり、各ノードは24以上のＣＰＵコアを有し、128GiB以上の主記憶容量を備えていること。

Ｉ　７つのサーバ群において、Linuxオペレーティングシステムが動作すること。

Ｊ　ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバにおいて、Fortran、Ｃ、Ｃ＋＋などのプログラミング言語が処理可能であり、自動並列化機能、OpenMP規格4.0に準拠した並列化機能を有すること。ＭＰＩ3.0以上に準拠したライブラリを有し、複数ノードによるＭＰＩ並列計算が可能であること。

Ｋ　ＧＰＵ搭載ノードにおいては、ＧＰＵに最適化されたプログラミング言語が処理可能であること。

Ｌ　ネットワークディスク装置は、物理容量４PB以上かつ実効容量１PB以上の大容量ネットワークファイルシステムと物理容量14PB以上かつ実効容量10PB以上の高速アクセス用分散ファイルシステムからなること。

Ｍ　ゲノムネット計算サーバのシステムＡ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバは、10Gbps以上の高速ネットワークでサーバ接続用ネットワークを構成すること。サーバ接続用ネットワークはファイアウォールを介して学内ＬＡＮ（ＫＵＩＮＳ）及びＳＩＮＥＴに接続すること。また、外部からのアクセス用にＶＰＮ装置を備えること。

Ｎ　ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバ及び大容量ネットワークファイルシステムは10Gbps以上の高速ネットワークでＮＡＳ接続ネットワークを構成すること。

Ｏ　ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、運用管理サーバＢを除く基盤サーバ、システム管理サーバ及び高速アクセス用分散ファイルシステムを200Gbps以上のネットワークで接続すること。

Ｐ　７つのサーバ群と２つのネットワークディスク装置、ネットワーク装置は無停電電源装置に接続されており、５分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。

Ｑ　システムを安定稼働するために十分な冷却能力を備えること。消費電力を抑制するための対策を講じること。

Ｒ　ディザスターリカバリー用バックアップストレージとして物理容量1.4PB以上かつ実効容量１PB以上を備えること。

Ｓ　ディザスターリカバリー用バックアップストレージ専用の無停電電源装置を備え、５分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。

Ｔ　講習会用のノートＰＣを15台備えること。

これまでのシステム調達結果

関連リンク

京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム