【京都大学化学研究所】 スーパーコンピュータシステム 【資料締切 5/8】

機関名

京都大学化学研究所

件名

スーパーコンピュータシステム

調達方式

購入

導入予定時期

令和9年度第1月以降

これまでの流れ

主な仕様(資料招請時)

Ａ　今回導入予定のスーパーコンピュータシステムは、現在使用しているスーパーコンピュータシステムを次世代のゲノム科学・計算化学に対応すべく拡張するものであり、以下の構成を要する。システムはゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、ログインサーバ、システム管理サーバからなる７つのサーバ群と、大容量ネットワークファイルシステム、高速アクセス用分散ファイルシステムからなる２つのネットワークディスク装置、ディザスターリカバリー用バックアップストレージシステム、ネットワーク装置、サーバ及び高速アクセス用分散ファイルシステムを接続する相互結合網、無停電電源装置、冷却設備、講習会用パソコンで構成される。システムはLinux環境で運用され、以下に示す全ての要件を満たす。

Ｂ　ゲノムネット計算サーバは、２ノード以上からなるシステムＡと80ノード以上からなるシステムＢで構成される。

⒜　システムＡの各ノードは、理論演算性能は57.1TFLOPS以上であり、共有メモリ方式で24TiB以上の主記憶容量を備えていること。また、NVM Express規格のＳＳＤを50ＴＢ以上有すること。
⒝　システムＢの各ノードは、56以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が4.7TFLOPS以上であること。システムＢはノードあたり512GiB以上の主記憶容量を備えた50以上のノード、及びノードあたり１TiB以上の主記憶容量を備えた30以上のノードから構成されること。
⒞　システムＡ、Ｂともに、計算生物学関連、特にゲノム解析関連のソフトウェアが整備されていること。

Ｃ　化学計算サーバは、60ノード以上からなるシステムＡと12ノード以上からなるシステムＢで構成される。

⒜　システムＡの各ノードは、56以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が4.7TFLOPS以上であり、512GiB以上の主記憶容量を備えていること。
⒝　システムＢの各ノードは、64以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が5.7TFLOPS以上であり、1024GiB以上の主記憶容量を備え、NVIDIA B200（180GBメモリ）相当以上のＧＰＵを２式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
⒞　システムＡ、Ｂともに、計算化学関連のソフトウェアが整備されていること。

Ｄ　ゲノムネット公開サーバは12ノード以上からなり、各ノードは128以上のＣＰＵコアを有し、768GiB以上の主記憶容量を備えていること。

Ｅ　ゲノムネット開発サーバは４ノード以上からなり、各ノードは128以上のＣＰＵコアを有し、1.5TiB以上の主記憶容量を備えていること。

Ｆ　基盤サーバは16ノード以上で構成される。

⒜　開発サーバ：64以上のＣＰＵコアを有し、1.0TiB以上の主記憶容量を有するノードを３ノード以上備えること。
⒝　データベースサーバ：16以上のＣＰＵコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを２ノード以上備えること。各コアは3.6GHz以上で動作すること。リレーショナルデータベースシステムを提供すること。
⒞　仮想サーバ：32以上のＣＰＵコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを２ノード以上備えること。本学が指定するゲノムネットサービスの一部（GenomeNet／Feedback、varDB等）を動作させること。
⒟　運用管理サーバＡ：32以上のＣＰＵコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを３ノード以上備えること。
⒠　運用管理サーバＢ：32以上のＣＰＵコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを６ノード以上備えること。ネームサーバ、メールサーバ、ウェブサーバとしての機能を備えること。

Ｇ　ログインサーバは３ノード以上からなり、１ノードあたりの16以上のＣＰＵコアを有し、理論演算性能が3.10TFLOPS以上であり、512GiB以上の主記憶容量を備えていること。各ノードは、化学計算サーバシステムＢに搭載されるＧＰＵと同一規格のＧＰＵを１式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。

Ｈ　システム管理サーバは２ノード以上からなり、各ノードは32以上のＣＰＵコアを有し、128GiB以上の主記憶容量を備えていること。

Ｉ　ネットワークディスク装置は、物理容量2.1PB以上かつ実効容量1.2PB以上の大容量ネットワークファイルシステムと物理容量27PB以上かつ実効容量20PB以上の高速アクセス用分散ファイルシステムからなること。

Ｊ　ディザスターリカバリー用バックアップストレージとして実効容量1.2PB以上を備えること。

Ｋ　ゲノムネット計算サーバのシステムＡ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバは、10Gbps以上の高速ネットワークでサーバ接続用ネットワークを構成すること。サーバ接続用ネットワークはファイアウォールを介して学内ＬＡＮ（ＫＵＩＮＳ）及びＳＩＮＥＴに接続すること。また、外部からのアクセス用にＶＰＮ装置を備えること。

Ｌ　ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバ及び大容量ネットワークファイルシステムは10Gbps以上の高速ネットワークでＮＡＳ接続ネットワークを構成すること。

Ｍ　ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ（但し運用管理サーバＢを除く）、システム管理サーバ及び高速アクセス用分散ファイルシステムを800Gbps以上のネットワークで接続すること。

Ｎ　７つのサーバ群と２つのネットワークディスク装置、ネットワーク装置は無停電電源装置に接続されており、５分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。

Ｏ　ディザスターリカバリー用バックアップストレージとして物理容量1.45PB以上かつ実効容量1.2PB以上を備えること。専用の無停電電源装置を備え、５分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。

Ｐ　システムを安定稼働するために十分な冷却能力を備えること。消費電力を抑制するための対策を講じること。

Ｑ　講習会用のWindowsノートＰＣを15台備えること。

これまでのシステム調達結果

関連リンク

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