コンピューティング対COVID-19:ホワイトハウス・イニシアティブ、Frontera、理研などなど

Oliver Peckham

スーパーコンピューティング、ビッグデータ、人工知能は、コロナウイルスのパンデミックとの闘いにおいて重要なツールだ。 世界中の研究者、企業、政府は、このグローバルな危機に向けてコンピューティングリソースを緊急に投入している。 このコラムでは、COVID-19に対抗するために高度なテクノロジーがどのように役立つかについての最新のニュースをお伝えする。

ホワイトハウスは抗CONVID-19スーパーコンピューティング・イニシアティブを発表

ホワイトハウスはコロナウイルスに対する米国のスーパーコンピューティングを活用する新しい官民コンソーシアムを発表した。 ホワイトハウス科学技術政策局が主導するCOVID-19ハイパフォーマンスコンピューティングコンソーシアムは、「330ペタフロップス以上のスーパーコンピューティング能力を提供する16台のシステムをプールしている。」。 このリリースは、将来的に追加の能力を約束している。 「アメリカはCOVID-19と戦うために一緒なっています、そして治療とワクチンのための科学的研究を急速に進歩させるために我々が持つ世界クラスのスーパーコンピューターの全能力を解き放つことを意味します。トランプ政権の全米対応の一環として、連邦政府に参加している民間部門と学術指導者達に感謝します。」 と米国の最高技術責任者である Michael Kratsiosは述べている。 詳細については、こことここをクリックしてください。

	全原子を含むコロナウイルスのコンピューターモデルは、テキサス大学オースティン校にあるTACCのNSF資金によるFronteraスーパーコンピューター上で、カリフォルニア大学サンディエゴ校のAmaro Labによって開発されている。 生化学者のRommie Amaroは、全原子インフルエンザシミュレーション（左）での最近の成功を基に、それらをコロナウイルス（右）に適用したいと考えている。 （クレジット：Lorenzo Casalino、TACC）

Fronteraは大規模なコロナウイルスシミュレーションの準備をしている

テキサス先端計算センター（TACC）のFronteraスーパーコンピューターは、COVID-19シミュレーションを次のレベルに引き上げようとしている。 完了すれば、シミュレーションにより、コロナウイルス全体の最初の全原子モデルが生成される。 「粒子の外側がどのように見え、どのように動作するかについての適切なモデルがあれば、分子認識に関与するさまざまなコンポーネントの優れたビューが得られるのです。」と、この取組みを率いているRommie Amaroは述べている。これまでのところ、Fronteraはコードの最適化とモデルの最初の部分のテストを支援している。 詳細については、ここをクリック。

Rosetta @ homeはボランティアのコンピュータをコロナウイルスに対して集結させている

Folding @ homeと同じように、Rosetta @ homeはクラウドソーシングされたコンピューターのネットワークであり、研究者がタンパク質関連のコンピューティング問題を調べるのに役立っている。 約1.26ペタフロップスの性能を持っており、Rosetta @ home（Summitのような）はコロナウイルスの重要なスパイクタンパク質を粉砕し、その構造が実験室で決定される数週間前にタンパク質の原子スケールの構造を生成した。 現在、Rosetta @ homeの研究は、COVID-19のワクチン試験と治療法の開発に使用されている。 Rosetta @ homeの作業の詳細については、こちらのHPCwireの記事にアクセス。

GlobusはCOVID-19研究者にアクセスを無料に

ハイパフォーマンスコンピューティングの研究データの管理を支援するSaaS企業であるGlobusは、効果的に迅速に、「COVID-19に携わるいかなる機関にも無料ですべてのGlobus機能へのアクセスを提供します」と発表した。 Globusは、この提供には加入者のみが利用できる機能が含まれることを強調しており、COVID-19研究者に1対1の相談を提供する。 詳細については、ここをクリック。

PRACE、COVID-19の提案を優先

ヨーロッパにおけるアドバンストコンピューティングのためのパートナーシップ（PRACE）は、「COVID-19パンデミックの影響の緩和」に貢献する提案を歓迎し、迅速に処理することを発表した。 例として、彼らは感染のメカニズムを理解するための研究、変異と進化を理解するための研究、治療法やワクチンを開発するためのシミュレーション、ウイルスの蔓延を理解するための分析について述べている。 詳細については、ここをクリック。

GENCI、コロナウィルス研究用のリソースを提供

フランスの国家ハイパフォーマンスコンピューティング組織であるGENCIは、COVID-19研究者にコンピューティングおよびストレージリソースを提供していることを発表した。 PRACEと同様に、GENCIは、ワクチンおよび治療法の使用、ウイルスの広がりに関する疫学研究、および関連アプリケーションを強調している。 詳細については、ここをクリック。

BioTeam、COVID-19研究者向けのサービスの無料提供と、Folding @ homeコンピューティング能力を寄付を発表

生命科学アプリケーション向けのコンピューティングサービスを提供する学際的な専門家グループであるBioTeamは、COVID-19研究者に最大40時間のサービスを無料で提供する。 この割り当て（「科学的コンピューティング、クラウド、ITおよび戦略的コンサルティングサービス」で利用可能）は、COVID-19の治療法またはワクチンを直接開発している研究所およびデータサイエンスグループがアクセス可能だ。 さらに、BioTeamは、コロナウイルスの問題に取り組んでいるFolding @ homeプロジェクトに独自の計算能力を提供していることを発表した（詳細については、HPCwireの記事を参照）。 BioTeamの詳細については、ここをクリック。

レンセラー、スーパーコンピューティングをCOVID-19研究に提供

レンセラー工科大学は、現在24番目にランク付けされたスーパーコンピューターであるAiMOSが、COVID-19に対する研究者が利用できるようになると発表した。 研究所はアクセスを提供するために研究コミュニティに手を差し伸べている。 「この取り組みには専門知識、コラボレーション、信じられないほどの量のデータを処理する能力が必要です。レンセラーはこの重要な時期に3つすべてを提供します」とレンセラーの学長Shirley Ann Jacksonは述べた。 「特に、非常に大規模なモデルを作成するには、AiMOSの独自の機能が必要です。」 詳細については、ここをクリック。

シンガポール国立スーパーコンピューティングセンター、コロナウイルスに目を向ける

シンガポール国立スーパーコンピューティングセンター（NSCC）は、COVID-19を研究したいシンガポールの科学者にそのリソースを提供し、2020年9月までに及ぶプロジェクトに特別な呼びかけを出した。提案は迅速に処理され、承認されれば 、ASPIRE 1ペタスケールスーパーコンピュータを含むリソースへの優先アクセスを提供される。 申請内容は、バイオインフォマティクスと分子生物学の専門家で構成される特別なCOVID-19選考委員会によって審査される。 詳細については、ここをクリック。

	画像提供：理化学研究所

理研、COVID-19の分子動力学を探求

理化学研究所バイオシステムダイナミクスセンターの研究者たちは、コロナウイルスの構造を分析するために薬物研究スーパーコンピューターを使用している。 具体的には、ウイルスが自己複製に使用するメカニズムの1つであるCOVID-19の主要プロテアーゼを調べた。 MDGRAPE-4Aスーパーコンピュータでの10マイクロ秒のシミュレーションには10日かかり、研究者たちはその結果を無料で利用できるようにした。 詳細については、ここをクリック。

このリストで取り上げるべきCOVID-19の研究について知っていますか？ もし他にご存じでしたら、oliver @ taborcommunications.comまでメールをお送りください。 お返事おまちしております。