世界のスーパーコンピュータとそれを動かす人々


2月 21, 2023

【京都大学化学研究所】スーパーコンピュータシステム【入札締切 4/14】

HPCwire Japan

機関名

京都大学化学研究所

件名

スーパーコンピュータシステム

調達方式

借入

借入期間

2024年1月1日から2027年12月31日

これまでの流れ

手続き 公示日 説明会開催日 締切日
入札 2023/2/21 2023/3/10 13:15 京都大学宇治キャンパス総合研究実験1号棟化学研究所会議室(CB207) 入札:2023/4/14 17:00
開札:2023/6/2 14:00
意見招請 2022/12/16 2022/12/23 11:00
京都大学宇治キャンパス 総合研究実験1号棟 化学研究所会議室(CB207)
2023/1/6 17:00
資料招請 2022/8/12 2022/8/29 11:00
京都大学化学研究所会議室 CB207
2022/9/16 17:00

 

主な仕様(資料招請時)

A 今回導入予定のスーパーコンピュータシステムは、現在使用しているスーパーコンピュータシステムを次世代の計算化学・ゲノム科学に対応すべく拡張するものであり、以下の構成を要する。システムはゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバからなる7つのサーバ群と、高速アクセス用分散ファイルシステム、大容量ネットワークファイルシステムからなる2つのネットワークディスク装置、ディザスターリカバリー用バックアップストレージ、ネットワーク装置、無停電電源装置、冷却設備で構成される。システムはLinux環境で運用され、以下に示す全ての要件を満たす。

B ゲノムネット計算サーバは、2ノード以上からなるシステムAと60ノード以上からなるシステムBで構成される。

(1) システムAの各ノードは、理論演算性能は57.1TFLOPS以上であり、共有メモリ方式で24TiB以上の主記憶容量を備えていること。また、NVM Express規格のSSDを50TB以上有すること。
(2) システムBの各ノードは、56以上のCPUコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。システムBはノードあたり512GiB以上の主記憶容量を備えた40以上のノード、及びノードあたり1TiB以上の主記憶容量を備えた20以上のノードから構成されること。
(3) システムA、Bともに、計算生物学関連、特にゲノム解析関連のソフトウェアが整備されていること。

C 化学計算サーバは、44ノード以上からなるシステムAと36ノード以上からなるシステムBで構成される。

(1) システムA、Bの各ノードは、56以上のCPUコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。256GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(2) システムBの各ノードは、NVIDIA A100(80GBメモリ)相当以上のGPUを1式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
(3) システムA、Bともに、計算化学関連のソフトウェアが整備されていること。

D ログインサーバは3ノード以上からなり、1ノードあたり16以上のCPUコアを有し、理論演算性能が3.10TFLOPS以上であり、512GiB以上の主記憶容量を備えていること。各ノードは、NVIDIA A100(80GBメモリ)相当以上のGPUを1式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。

E ゲノムネット公開サーバは6ノード以上からなり、各ノードは64以上のCPUコアを有し、768GiB以上の主記憶容量を備えていること。

F ゲノムネット開発サーバは4ノード以上からなり、各ノードは64以上のCPUコアを有し、1.5TiB以上の主記憶容量を備えていること。

G 基盤サーバは15ノード以上で構成される。

(1) 開発サーバ:64以上のCPUコアを有し、1.0TiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。
(2) データベースサーバ:16以上のCPUコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。各コアは3.6GHz以上で動作すること。リレーショナルデータベースシステムを提供すること。
(3) 仮想サーバ:32以上のCPUコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。本学が指定するゲノムネットサービスの一部(GenomeNet/Feedback、varDB等)を動作させること。
(4) 運用管理サーバA:32以上のCPUコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを3ノード以上備えること。
(5) 運用管理サーバB:32以上のCPUコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを6ノード以上備えること。ネームサーバ、メールサーバ、ウェブサーバとしての機能を備えること。

H システム管理サーバは2ノード以上からなり、各ノードは24以上のCPUコアを有し、128GiB以上の主記憶容量を備えていること。

I 7つのサーバ群において、Linuxオペレーティングシステムが動作すること。

J ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバにおいて、Fortran、C、C++などのプログラミング言語が処理可能であり、自動並列化機能、OpenMP規格4.0に準拠した並列化機能を有すること。MPI3.0以上に準拠したライブラリを有し、複数ノードによるMPI並列計算が可能であること。

K GPU搭載ノードにおいては、GPUに最適化されたプログラミング言語が処理可能であること。

L ネットワークディスク装置は、物理容量4PB以上かつ実効容量1PB以上の大容量ネットワークファイルシステムと物理容量14PB以上かつ実効容量10PB以上の高速アクセス用分散ファイルシステムからなること。

M ゲノムネット計算サーバのシステムA、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバは、10Gbps以上の高速ネットワークでサーバ接続用ネットワークを構成すること。サーバ接続用ネットワークはファイアウォールを介して学内LAN(KUINS)及びSINETに接続すること。また、外部からのアクセス用にVPN装置を備えること。

N ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバ及び大容量ネットワークファイルシステムは10Gbps以上の高速ネットワークでNAS接続ネットワークを構成すること。

O ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、運用管理サーバBを除く基盤サーバ、システム管理サーバ及び高速アクセス用分散ファイルシステムを200Gbps以上のネットワークで接続すること。

P 7つのサーバ群と2つのネットワークディスク装置、ネットワーク装置は無停電電源装置に接続されており、5分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。

Q システムを安定稼働するために十分な冷却能力を備えること。消費電力を抑制するための対策を講じること。

R ディザスターリカバリー用バックアップストレージとして物理容量1.4PB以上かつ実効容量1PB以上を備えること。

S ディザスターリカバリー用バックアップストレージ専用の無停電電源装置を備え、5分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。

T 講習会用のノートPCを15台備えること。

これまでのシステム調達結果

件名 スーパーコンピュータシステム
調達方法 借入
落札日 2019/8/2
落札業者  
落札価格  
備考 借入期間:2020/1/1から 2023/12/31

 

関連リンク

京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム