世界のスーパーコンピュータとそれを動かす人々


4月 4, 2014

イルミナ、1,000ドルゲノムを確立

HPCwire Japan

Tiffany Trader

ゲノミクスは急速に動いてる。最初の人間のゲノムが30億ドルのコストで、2003年に配列決定された後に、バイオテクノロジー産業は千ドルゲノムマークに照準を設定している。このビジョンを実現することは10年近い間のシーケンシング・コミュニティの主要なゴールであった。そして今ついに千ドルゲノムは手の届くところとなったのだ。人間の「工場規模」の配列決定のためにイルミナが設計した新しいハイエンドのDNAスーパーコンピュータのおかげだ。

現時点では、ヒトゲノムの配列を決定するのに約1万ドルかかる。サンディエゴベースのイルミナは、HiSeq X Ten(発音は「ハイシークテン」)システムは、年間20,000ゲノムを処理することができ、各コストは千ドルであると言っている。これは規模の経済と、より速い化学とより良い光学系のような高度な機能によってコストをダウンが可能となった。

イルミナのCEOであるJay Flatleyが火曜日にJPモルガンヘルスケア会議でヒトゲノムのために特別に構築された新しい配列決定装置を発表した。この機械は、品質を犠牲にすることなく、高スループットを達成するために最適化されている。このシーケンサーは、その前身である他のイルミナモデルよりも10倍高速でDNAバリアント識別することができる。Flatleyによると、より高速なマシンは世の中に存在するが、同じ品質基準では動作しない。

CEOがさらに説明するところによると、このシステムは1日で5人のゲノムを部分的にシーケンスすることが可能で、完全な実行には3日かかるそうだ。この3日間で、マシンは16人の高品質な人ゲノムができるとのことだ。

千ドルのゲノムによって、カスタマイズされた医療検査や診断が可能となることを待っている個別化医療の支持者は、もう少し長く待つ必要がある。 HiSeq X Tenシステムは、人間の健康の研究者の理解を促進するために、人口規模プロジェクトを対象としている。また、システム自体は安くはない。彼らは1千万ドルのベース価格で、少なくとも10機のセットで販売される。

「HiSeq X Tenによって、我々は、千ドルのゲノムを提供し、経済学と人間のゲノム配列決定のスケールを再形成し、医療の未来を形作る上で、人口レベルでの研究のための可能性を再定義します。」とCEOは述べている。 「この規模でヒトゲノムを探索する機能は、癌や複雑な疾患の研究を新しレベルに持っていくでしょう。人遺伝学の”音速の壁”を破ることは心理的なマイルストーンを通して私たちをプッシュするだけでなく、これまでにない規模のプロジェクトを可能にします。我々は、もうひとつの側面にあるものを見て興奮しています。」

少なくとも3人の顧客は、すでに新しいシーケンサーを発注している。韓国ソウルがベースの次世代シーケンスサービスのMacrogenのメリーランド州Rockvilleにある研究所、 マサチューセッツ州Cambridgeにある提供のあるBroad Institute、そしてオーストラリアのシドニーにあるバイオ医療研究分野のリーダーでもあるGarvan Institute of Medical Researchである。システムはこの3月に出荷される予定だ。