カナダ最速のスーパーコンピュータがエボラの闘いに参加

Tiffany Trader

カナダの研究者は、エボラ戦闘マシンへと国の最速のスーパーコンピュータを変えていった。エボラ用に認可されたワクチンはまだ無いが、、トロント大学が支援する新興企業 Chematriaは、致命的な流行に終止符を打つ薬剤の道に熱心になっている。

トロント大学とIBMとの提携を通して、Chematriaは以前の方法よりも最大150倍高速に何百万の潜在的なエボラ薬を評価するために、32,767コアのIBM BlueGene/Q上での分子ドッキングシミュレーションに独自のアプローチを活用した。

「私たちは今まで、サイエンスフィクションと考えられてきただろう試みは何でしょうか。」とトロント大学の卒業生でChematriaのCEO、Abraham Heifets博士は言う。「私たちは、何百万の薬物の有効性の可能性を探ろうと考えており、当社の技術によりたった数日で、数十年にわたる物理学研究と数百万ドルを使ったことを探求しようとしています。」

Chematriaの仮想創薬プラットフォームは、深学習ニューラルネットワークの科学に基づいている。そのソフトウェアは、以前にマラリア、多発性硬化症、院内感染症、および白血病の治療を開発するために使用されてきた。

伝統的な薬の開発活動とは異なり、計算創薬は潜在的な医薬品を評価するためにインテリジェントなソフトウェアを使用している。「新システムは、コストと時間がかかる物理合成とテストを行うこと無く、新たな医薬品の有効可能性を予測することができます。」と同社は説明する。「システムは、過去に薬がどのように作用したかについての数百万のデータポイントを学ぶことによってそれ自身を教える仮想脳によって駆動されます。この膨大な知識で、ソフトウェアは、仮説上の薬の有効性を予測するために学習したパターンを適用することができ、そして既存の薬の驚くべき用途を提案し、医療が発見される方法を変革します。」

西アフリカの現在のエボラの流行は、ウイルスが1976年に初めて認識されて以来最大である。死亡者数が5000に近づいて、最初の2014年12月までに毎週推定5,000から10,000の新たなエボラ患者が発生するだろうとする予測モデルがある。Chematriaは、その路でウイルスを停止させる治療法や薬を見つけるいくつかのグループのひとつである。Heifetsと彼のチームは、健康な宿主細胞にエボラ自身を付着させることを防止することにより、感染プロセスを中断させようとしている。本研究はまた、マールブルク病やHIVと同じメカニズムを使う他のウイルスへも拡大する見込みである。