個別化医療の時代: Peter Coveneyとのインタビュー

Wolfgang Gentzsch、Sverre Jarp

個別化医療にはどんなチャンスや課題があるのだろうか? 意味のある結果を引き出すにはどのくらいの量のコンピューティングが必要なのだろうか? 相当な量の患者のデータを取り扱い、予測的で機械的なモデリングとシミュレーションを行うことができるのだろうか? これに基づいて、治療法を提供し、臨床での意思決定を強化することができるのだろうか? 個人データだけでなく強力な計算リソースへのセキュアなアクセスを保証できるのだろうか? これらの質問および重要な他の質問への回答は、物理化学に在籍し、計算科学センター長、計算機科学の名誉教授、ユニバーシティーカレッジロンドン(UCL)のCoMPLEXのメンバーであるPeter Coveney教授とのインタビューで議論されている。彼はまたエール大学の医学部内の非常勤教授でもある。Coveney教授はEUのFP7 仮想生理人間イニシアティブ内の中核的ネットワーク拠点を率いており、「仮想人間: 個別化医療のためのインシリコ手法」という、ドイツのフランクフルトで9月28-30日に開催されるISC Cloud & Big Date Conferenceの基調講演の一部を行う予定だ。

Peter、このインタビューのために時間を作ってくれてありがとう。あなたの主要な研究プロジェクトの一つ、仮想生理人間について、もう少し教えてください。

Peter Coveney: 仮想生理人間（VPH）は、単一の複雑システムとしての人体の共同研究を可能にする方法論的および技術的な枠組みです。集団的枠組みは、異なるが、生きている人間の体の機械的、物理的および生化学的な機能の統合化計算モデルを作り出す研究機関や組織が形成するリソースや観測の共有を可能とします。EUが資金提供するイニシアティブであるので、VPHはフレームワーク・プログラム7(2007-2014)において維持されていましたが、アジェンダが非常に多岐に渡りかつ野心的であったので、二十一世紀の全体を通じて追求する必要のあるものとなりました。

この研究が我々人類に時間をかけて示す大きなチャンスをハイライトしてください。

Coveney:すべての関連するスケールを越えた人体の共同調査を可能とし、より個別化された治療を行うために医学的、臨床的研究におけるマルチスケールな手法を紹介しています。イーライリリー社の社長兼最高経営責任者であるJohn C. Lechleiter, Ph.D.によって非常によく要約されています: 「テーラー治療の力は、我々が支払者、提供者および患者に対してもっとクリアに、’この薬は皆のものでなく、あなたのためのものなのです。‘と言えることであり、非常に強力なのです。」

あなたのチームが現在直面している主な課題は何ですか？また、数年以内に他にどんな課題が出ると思いますか？

Coveney:データの管理と解析を行う計算科学と情報能力の急速な発展が必要です。主要な課題は個人医療データの取得と保管に関連するものと、データを処理するためにHPC施設にセキュアにアクセスすることです。

一般市民や政治家からどの部分で抵抗を予想していますか？

Peter Coveney:個人医療データの共有と利用、そしてコンピュータが選択した治療の潜在的有効性です。

このプロジェクトを成功させるために必要な計算およびデータ解析の量の例を上げてもらえませんか?

Coveney:患者固有の薬物治療の例では、単一の個人に適用するためには、考えられる薬のランキングを処理するのに200,000コア時間と5テラバイトのデータの生成と解析というオーダーが必要となります。もちろんこれは、最初に遺伝データを取得(現在次世代シーケンサと呼ばれる技術においてはテラバイトのデータ量と数万コア時間となる。)するのに必要なすべてのデータと処理に対する追加の分です。言うまでもなく、答えは動く標的です。なぜなら、計算およびシーケンシング技術は絶えず進化していますし、次の5〜10年間で劇的に削減される可能性があるのです。

—–
このPeter Coveney教授とのインタビューは、ISC Cloud & Big Data Conferenceの共同議長であるWolfgang GentzschとSverre Jarpによってお紺われた。ISC Cloud & Big Data Conferenceじゃフランクフルトで9月28日から30日まで開催される。Coveney教授は基調講演の中でさらに詳しくこの話題を話すだろう。